Mit dem Bau des Elternhauses gründete der Magdeburger Förderkreis die Stiftung „Elternhaus am Universitätsklinikum Magdeburg“ im Dezember 2004. Die Stiftung ist seit der Eröffnung des Hauses im Jahre 2006 für die Absicherung seines Betriebes sowie - ebenso wie der Verein – für die Förderung sozialer Hilfs- und Betreuungsleistungen für krebskranke Kinder und deren Familien verantwortlich.

Organe der Stiftung sind das Kuratorium und der Vorstand. Das Kuratorium ist das Kontrollorgan der Stiftung und setzt sich zusammen aus Vertretern des Vereinsvorstandes. Das Kuratorium wählt den Stiftungsvorstand für die Dauer von vier Jahren. Der Vorstand der Stiftung trifft alle stiftungsrelevanten Entscheidungen im Sinne der Stiftungssatzung und besteht aus drei Personen.

Sie alle engagieren sich unentgeltlich ehrenamtlich in ihrer Arbeit für Familien mit einem an Krebs erkrankten Kind.